■ Обитель заснували на поч. XVII ст. на о-ві Густиня (назва – від густого лісу, що нині не існує) р. Удай ченці Києво-Межигірського монастиря ієросхимонах Іоасаф з учнями – ієромонахом Євфимієм та ченцем Геннадієм. «Літопис монастиря Густинського» стверджує, що перед цим, прийшовши до Києва з Афона 1600 р., о. Йоасаф з ігуменом Опанасом тоді ж заснували Межигірську обитель. За допомогою мирян, які мешкали навколо Густині, о. Йоасаф та його учні, згідно з «Літописом», збудували в 1614 р. дерев’яний храм Св. Трійці.
■ Відчуваючи близькість смерті, о. Йоасаф направив о. Євфимія та Геннадія до начальника Ближніх печер Києво-Печерської Лаври Ісаї Копинського з проханням про сприяння. Той прибув до Густині, збудував тут ряд будівель, у т.ч. трапезу з храмом Благовіщення чи Різдва Пресвятої Богородиці, відвідав на Волині господарів густинських земель – князя Михайла Корибута Вишневецького з дружиною Раїною (Іриною) Могилянкою – і отримав від них акт на угіддя для монастиря (при цьому князь наділив о. Ісаію у своїх володіннях на лівому березі Дніпра, повернувшись до Лаври і став незабаром ігуменом Києво-Братського монастиря (1615) та Межигір’я (на відміну від «Літопису», Межигірський пам’ятник не повідомляє про цю ігуменство), о.Ісая після смерті о. †1616) надсилав до Густині гідних ченців як настоятелів.
■ У 1620 р. Густинь відвідав Єрусалимський патріарх свт. Феофан, якого охороняло у дорозі військо Запорізьких козаків на чолі з гетьманом Петром Сагайдачним; після прибуття до Києва він взяв участь у відновленні православного єпископату України (після Брестської унії 1596 р.), зокрема – зведення о. Ісаї в єпископа Перемишльського. Річ Посполита не визнала ці посвячення законними, і владика Ісая не вступив у керування своєю єпархією; однак і частина міжігорської братії відмовилася прийняти його настоятелем («єпископ не може бути нам ігуменом»), і він із відданими йому ченцями перейшов до Густині (з 1628 р. він титулувався архієпископом Смоленським та Чернігово-Сіверським, у 1631-1632 рр.). митрополитом Київським, потім жив у Києво-Золотоверхому монастирі та деяких монастирях Полісся, †1640).
■ У 1620-х роках. обидва храми, трапезну та келії змінили нові, які у 1636 р. згоріли під час пожежі. У 1638 р. монастир перенесли на інше місце і збудували в ньому трапезну з храмом Успіння Пресвятої Богородиці та келіями. У 1639 р. монастир був відроджений та оточений захисним ровом, тоді ж обитель відвідав митрополит Київський свт. Петро Могила. Її жертвувачем у цей час виступив правитель Молдови Василь. У 1641-1644 pp. тут знову було збудовано храм Св. Трійці.
■ У різні дні 1654 р. обитель відвідали патріархи: Константинопольський – свт. Афанасій Пателарій, і Антіохійський – Макарій із сином архідияконом Павлом Алеппським (останній зазначив у дорожніх записах, що побачений ним тут іконостас храму Св. Трійці багаторазово перевершував пишнотою колишніх на той час іконостасів Києво-Софійського собору та Ус.
■ У 1671 р. частина обителі знову знищила пожежу, після чого тут розпочали кам’яне будівництво: у 1674 р. закладено храм Св. Трійці, у 1675 р. його освячення здійснив Чернігівський архієп. Лазар Баранович, який під час урочистостей висвятив ієромонаха майбутнього свт. Димитрія Ростовського (Туптало, †1709); межі XVII-XVIII ст. збудовані трапезна з храмом Успіння Пресвятої Богородиці, огорожа, вежа св. воріт із надбрамним храмом свт. Миколи Мирлікійського, храм свв. апп. Петра та Павла, корпус настоятеля з північними воротами та будинковим храмом св. вмц. Варвари (останні 3 споруди включені в огорожу); обитель стала зразковим архітектурним ансамблем у стилі українського барокко.
■ У XVII-XVIII ст. в обителі складено «Густинський літопис» та «Літопис Густинського монастиря», які визнані важливими джерелами вітчизняної історії.
■ У 1697 р. прилуцький полковник Дмитро Горленко переніс у крипту храму Св. Трійці прах свого батька – прилуцького полковника Лазаря Горленка (убитий у Кримському поході 1687 р. козаками, що підняли бунт при звістці про зміну гетьмана), і прикрасив намісну срібною позлащеною ризою; на його ж кошти збудовано монастирські стіни та храми свт. Миколи та свв. апп. Петра та Павла (1693-1708); обитель відвідував його онук Йоаким – майбутній свт. Йоасаф Білгородський (†1754), батько якого, Андрій, був одружений з дочкою гетьмана Данила Апостола Марії.
■ У 1793 р. монастир було скасовано, у 1844 р. – знову відкрито. У 1845 р. старі будівлі обителі відобразив на своїх малюнках Т. Шевченко. У тому ж році в крипті Успенської церкви був похований генерал-губернатор князь Микола Рєпнін, а сам храм оновлений коштом вдови Рєпніна Варвари і освячений на честь Воскресіння Христового, надалі він став усипальницею Рєпніних. При оновленні цього та інших будівель монастиря їхній вид був частково змінений: Воскресенський храм знайшов бічні апсиди, вежу з храмом свт. Миколи надбудували дзвіницею, храм свв. апп. Петра та Павла увінчали цибулинними куполами.
■ У 1924 р. обитель знову скасували та відвели під комуну безпритульних дітей. Коли в 1927 р. будови Густині вивчав історик Микола Макаренко (1877-1938, репресований за протест проти знищення Києво-Золотоверхого собору), його син Орест (1910) потонув в Удаї і був похований у склепі Рєпніних. У 1943 р. монастир відродився, у 1959 р. його повторно закрили та відвели під психоневрологічний диспансер, на поч. 1990-х рр. будівлі обителі виглядали руїнами. У 1993 р. почалося нове відродження монастиря, до теперішнього часу його архітектурний ансамбль практично повністю відновлено (верхі храму свв. апп. Петра і Павла знову набули барокової форми).